Contexte : 

– La métabolomique partage des caractéristiques communes avec la biologie clinique, cette dernière ayant historiquement cherché à déterminer les paramètres standard et anormaux dans le sang et autres liquides biologiques. Parmi les biomarqueurs actuellement utilisés au laboratoire d’analyses médicales, un grand nombre sont des métabolites.
– Le terme de métabolomique clinique est défini par Uta Ceglarek: “Clinical metabolomics’ aims at evaluating and predicting health and disease risk in an individual by investigating metabolic signatures in body fluids or tissues, which are influenced by genetics, epigenetics, environmental exposures, diet, and behaviour” (Ceglarek et al., 2009). Par définition, les signatures métaboliques contiennent un panel ou une combinaison de métabolites affectés. L’un des principaux atouts de la métabolomique est d’identifier de nouveaux biomarqueurs transférables au laboratoire médical. La première étude à mesurer les biomarqueurs métabolomiques urinaires du cancer à l’aide de la RMN et de la spectrométrie de masse a été publiée en 2006. Dès lors, ces techniques ont été utilisées pour diagnostiquer les cancers du système urologique (rein, prostate et vessie) et les tumeurs non urologiques, notamment celles du sein, de l’ovaire, du poumon, du foie, du tractus gastro-intestinal, du pancréas, des os et du sang (Dinges et al., 2019). En outre, plusieurs articles ont proposé la métabolomique comme une méthode pour découvrir des biomarqueurs métaboliques pour plusieurs autres maladies importantes telles que le diabète, les maladies neurodégénératives (Chang et al., 2022), l’athérosclérose et les maladies pulmonaires (Xia et al. et al., 2013 ; Wheelock et al., 2013 ; Wishart, 2016 ; Letertre et al, 2021). A ce jour, nous disposons de plusieurs ensembles de jeux de données « normales » de métabolomique provenant des fluides biologiques suivants, le sang (Psychogios et al., 2011), l’urine (Bouatra et al., 2013), le LCR (Wishart et al., 2008), ou les fèces (Karu et al., 2018)).
– Les laboratoires d’analyses médicales commencent à se doter d’équipement haut de gamme capable de réaliser des études de métabolomiques cliniques et participent à des projets de recherche clinique. Son implémentation nécessite une pluridisciplinarité associant des compétences dans les domaines analytiques, bio-informatiques, biostatistiques et biologiques. La standardisation des protocoles expérimentaux et analytiques ainsi que l’implémentation d’un système qualité restent actuellement un challenge à relever, du fait du large éventail de conditions utilisables. Après plus de 10 ans de recherche, c’est le moment de capitaliser et de constituer une communauté de biologistes en charge d’accélérer la transition de cette médecine translationnelle.

Objectifs du groupe de travail :

• Recenser les laboratoires hospitaliers Français ayant développé et transféré la métabolomique en clinique ou souhaitant le mettre en place
• Réaliser une étude bibliographique sur les applications déjà utilisées en clinique et les perspectives futures
• Evaluer l’accessibilité et les obstacles à la mise en œuvre de la métabolomique dans les laboratoires de biologie médicale, et recommander des solutions pour faciliter le passage des laboratoires universitaires aux laboratoires de biologie médicale
• Recommander des solutions pour faciliter la structuration de plateaux analytiques pour la métabolomique haut-débit